Među brojnim aktivnostima djelatnika Gradskog muzeja Vukovar jedan od važnih zadataka bila je i priprema građe iz fundusa za izlaganje novog stalnog postava nakon opsežne građevinske rekonstrukcije dvorca Eltz. Nakon povrata muzejske građe iz Novog Sada u prosincu 2001.godine, predmeti su pregledani i klasificirani, te s obzirom na težinu oštećenja selektivno odabirani za restauraciju. Kako svaka zbirka ima svoje materijale i problematiku, restauracija se vršila u različitim restauratorskim radionicama. Predmeti iz Arheološke zbirke prvi su poslani na restauraciju u radionicu za keramiku i metal Arheološkog muzeja u Zagrebu.Predmeti Etnografske zbirke vukovarskog područja i Zbirke narodnih nošnji hrvatskih županija restaurirani su u Posudionici i radionici narodnih nošnji u Zagrebu. U Hrvatskom restauratorskom zavodu u Zagrebu i Osijeku restaurirana su likovna djela i zastave Kulturno-povijesne zbirke, te umjetnine sa najtežim oštećenjima iz Zbirke Bauer. Odjel za štafelajno slikarstvo restaurirao je umjetnine iz Zbirke Bauer i Kulturno-povijesne zbirke. U radionici za papir i kožu restaurirane su umjetnine na papiru iz Zbirke Bauer te mape iz Kulturno-povijesne zbirke, dok je Odjel za tekstil restaurirao povijesne zastave.Uz navedene ustanove, predmeti su restaurirani i u privatnim licenciranim radionicama, pa je restauraciju namještaja obavio Obrt za restauriranje namještaja Megyery iz Zagreba, za predmete od metala i drva Janko Jeličić (preparator Hrvatskog povijesnog muzeja Zagreb). Josip Kralik (preparator Muzeja Slavonije iz Osijeka) također predmete od metala i paleontološke kosti. Miroslav Benaković (viši preparator Muzeja Slavonije iz Osijeka) predmete od metala i drva, te namještaj Etnografske zbirke. Predmete od tekstila Iva Čukman (viši restaurator) iz Zagreba, a za predmete od drva Majda Begić-Jarić (tvrtka Nurb, Zagreb). Ilija Rimac iz Cerne obavio je restauratorske radove na prepariranom supu. Nada Skotak (restaurator-majstor) izvela je restauratorske zahvate na papiru i pergameni. Restauraciju kaljevih peći izveo je kipar Marijan Sušac iz Osijeka.Financijske troškove potrebnih zahvata pokrivalo je u najvećoj mjeri ministarstvo kulture i grad Vukovar, no bilo je i hvalevrijednih donacija.